Navnet "Lønstrup" menes at stamme fra en hovedgård kaldet "Løthentorp", som har ligget mod vest, hvor der i dag er hav. Dalen, hvor Lønstrup ligger i dag, var mølledam til gården. Der skete senere et gennembrud ud til havet, og dalen blev tørlagt og bebygget.

Fiskeri fra åben strand har gennem nogle århundreder været det bærende erhverv i Lønstrup. l 1800-tallet blev der desuden drevet en omfattende skudehandel med Norge. Fra Lønstrup udgik skuder med landbrugsprodukter, og de vendte hjem med træ.

I 1852 oprettedes i byen en redningsstation. Redningsbåden, der blev roet af lokale fiskere, har gennem tiderne bjerget over 200 nødstedte. l dag er stationen nedlagt, men redningshuset ses stadig på bådepladsen, og huser i dag den gamle Lønstrup-kutter "Marly". Lønstrup Fiskeriforening købte i 1996 kutteren og den har siden gennemgået en total restaurering så den i dag fremstår fuldt funktionsdygtig. "Marly" kan beses i redningshusets åbningstid.

På bådepladsen kan man også opleve de små fiskerbåde blive trukket op på land. Antallet af både er dog i dag reduceret i forhold til tidligere, hvor Lønstrup var udgangspunkt for et af Vesterhavets bedste hummerfiskerier.